專念寺の開創は今から四百数十年前、文禄元年（1592年）5月にさかのぼります。開基の西賢は、報恩寺の第十一世住職・證西の三男でした。報恩寺は親鸞聖人の門弟・性信が開いた念仏道場であり、下総国横曾根（現・茨城県常総市）を中心とする横曽根門徒の中心寺院でした。性信は京都で法然上人の弟子となり、のちに親鸞聖人に師事し、越後・関東へと随行しました。親鸞聖人が帰京した後も関東にとどまり、関東の親鸞門弟の指導にあたったとされます。 　慶長5年（1600年）9月5日、專念寺は合戦により焼失した後、慶長7年（1602年）4月に江戸櫻田郷へ移ったと伝わります。その後も、八丁堀、浅草と寺地を転々とし、文化7年（1810年）に東上野の地に移ります。何度も寺地が変わったのは、明暦3年（1657年）の「明暦の大火」や、文化3年（1806年）の「文化の大火」等の大火事に遭ったことによります。東上野へと移った江戸末期、報恩寺内には十三ヶ寺の寺院があり、專念寺はその内の一つであったと記されます。 　その後昭和8年に再建されたものの、昭和20年の東京大空襲により再度焼失してしまいます。戦後、前々住職・第十三世田澤俊英の時に、ご門徒の多大なご協力の下、昭和33年（1958年）に鉄筋コンクリートの建物として再建されました。現在の本堂・庫裏は、戦後の建物の老朽化のために平成十九年（2007年）に改修・竣工したものです。