当寺は源義経の四天王・伊勢三郎義盛が天台宗の寺として建立したことに始まる。初め尾張国海西郡立田村にあった。永正年間、住職の了念が第9世・実如上人に帰依し真宗に改宗。三代後の慶運が第13世・宜如上人に従い江戸に移転。芝西応寺町に寺を建てたが、寛文9年の大火で類焼。芝金杉浜町に移るも、明治28年に焼失。翌29年、市区改正のため境内地が東海道線の敷地に編入されてしまう。そこで同年、寺地移転を出願し、向山の地に至る。その後、一時は廃寺同然となったが、大正9年、第12代・教信が寺を再興。昭和20年大空襲の際、本尊以外の全てを焼失。昭和32年、教信と現住職の瑞信が門信徒の協力を得て本堂を再建した。