1597年（慶長二年）開山乗念上人により円林寺と称し建立されたとされています。江戸西の久保に当初はあったが、江戸幕府の用地整備のため現在の地に移り今日に至っています。現在の本堂は昭和56年に落慶されましたが、戦争や関東大震災などで、それ以前の本堂や記録は消失してしまっています。地内には江戸時代後期に活躍した書家の脇田赤峰や蕪村、一茶と同時期の俳人道元居白寿、その子の琴和の墓などがあると伝えられています。